货物运输业增值税专用发票可抵扣11%的进项税额。相关规定：财税【2011】111号附件《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第十二条 提供交通运输业服务，税率为11%。
如果销售货物发生的运费并取得增值税专用发票，按照11%的税率计算抵扣进项税额。《营业税改征增值税试点实施办法》第十二条，增值税税率：（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。（二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%。（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
货物运输增值税专用发票一般纳税人只能开11%的，如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3 从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的发票不是货物运输专用发票，而是常见的增值税专用发票。
运输票用增值税专用发票可以抵扣进项。在货物运输服务中，纳税人使用增值税专用发票作为主要的抵扣凭证。这是因为增值税专用发票能够详细记录交易的具体信息，包括购买方的信息、销售方的信息、商品或服务的名称、数量、价格等，是税务管理中的重要工具。
货物运输业的增值税专用发票的税率是17%，只要按照17%的税率抵扣就可以了。
运输增值税专用发票可以抵扣吗 无论任何普通发票，都不能抵扣，不管是运费的普通发票，还是货物等普通发票，都不能抵扣。 增值税扣税凭证，是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产时取得或开具的记载所支付或者负担的增值税额，并据此从销项税额中抵扣进项税额的凭证。
其他增值税电子普通发票进项税不能凭票抵扣。计算抵扣：抵扣进口农产品的进项税。如果买家没有取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书或完税凭证，则可以自行计算进项税额抵扣。
运费增值税发票可以抵扣，但是需要满足一定的条件。首先，发票必须是正规的增值税专用发票，且开票方必须是具有增值税一般纳税人资格的运输企业。其次，发票必须真实有效，且内容与实际运输服务相符。最后，纳税人必须符合法定的抵扣条件，如具备一般纳税人资格等。
可以抵扣进项税。一般纳税人的运费发票只要是增值税专用发票，就可以扣除。根据财政部、国家税务总局《关于将铁路运输、邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税规定，公路、内河运输费用的结算文件不予审核作为扣款凭证，起作为铁路运输费用扣款凭证。
1、运输发票抵扣增值税最新规定如下：运输发票必须合法。增值税一般纳税人外购货物和销售货物所支付的运输费用，准予抵扣的运费结算单据（普通发票），是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。
2、纳税人购买或销售免税货物所发生的运输费用，不得计算进行税扣除。（货运发票增值税的扣除率在1998年7月1日之前是10%，相关政策依据见财税[1994]60、财税[1994]1财税[1998]114）自2005年4月1日，东北地区扩大增值税抵扣范围企业购进或销售固定资产支付的运输费用准予抵扣（国税函[2005]332）。
3、货物运输增值税专用发票一般纳税人只能开11%的，如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3 从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的发票不是货物运输专用发票，而是常见的增值税专用发票。
4、纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。纳税人取得增值税专用发票的，以发票上注明的税额为进项税额。
运输发票进项抵扣过程跟增值税一样，到国税局去认证，然后做账时抵扣，申报时填写在可抵扣金额一栏。
购进的有关增值税业务的材料，商品等取得的专用发票，运费发票，可以抵扣进项税。一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。
根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告年第39号）规定，纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。
除增值税专用发票和电子普通外，其他的旅客运输抵扣进项税的凭证必须注明旅客身份信息，纳税人手写则为无效凭证。纳税人取得了增值税专用发票和增值税电子普通发票的，则可直接按照票面上注明的税额进行抵扣。若没有取得增值税专用发票，则需要自行计算抵扣的税额。