其一，对运输业务的税收政策把握不准确，导致大量运输中所含的增值税不能抵扣。其二，技术操作不当，导致企业运输的税收成本加大。有鉴于此，我们有必要从有关物流企业的税收政策的具体规定的分析开始，讨论如何进行纳税检查。
备货。是配送的准备工作或基础工作，备货工作包括筹集货源、订货或购货、集货、进货及有关的质量检查、结算、交接等。配送的优势之一，就是可以集中用户的需求进行一定规模的备货。备货是决定配送成败的初期工作，如果备货成本太高，会大大降低配送的效益。（2）储存。配送中的储存有储备及暂存两种形态。
二是突出重点，有效推进，严格控制物流费用。根据2014年预算执行情况，结合部门工作实际，认真梳理仓储、分拣、配送及综合管理四个环节费用节点，编制年度物流费用预算及编报说明。坚持月度费用归集审核及季度费用执行情况分析。
一）物流合理化的基本原则及要点： 低成本、高效率（二）物流合理化的两个阶段 ：子系统合理化 、整体合理化 （三）物流的合理化措施：计划化、共同化、直达化、规模化 、社会化、服务化第二节 物流系统分析物流系统分析的概念：了解物流系统各部分的内在联系，把握内在规律，获得最优系统方案。
物流行业在提供运输、仓储、配送等服务时，通常需要缴纳增值税。根据《中华人民共和国增值税法》的规定，物流服务的增值税税率一般为6%。然而，具体的税率可能因服务类型、地区差异以及税收优惠政策的不同而有所调整。企业所得税税率 物流企业在获得经营收入后，需要按照企业所得税法规定缴纳企业所得税。
物流企业在提供运输、仓储、配送等服务时，通常需缴纳增值税。依据中国《增值税法》，物流服务的一般增值税税率为6%。然而，实际税率可能因服务类型、地区差异以及特定税收优惠政策而有所不同。 企业所得税税率 物流企业在获得收入后，需按照《企业所得税法》缴纳企业所得税。
物流公司涉及的税种及税率 增值税 属于一般纳税人：运输服务是11%，仓储服务是6%，装卸搬运服务6%。属于小规模纳税人：增值税征收率为3%。企业所得税 一般情况下，企业所得税税率为25%。
物流运费增值税税率为6%或9%。物流运费属于服务类，根据《营业税改征增值税试点实施办法》的规定，纳税人发生应税行为，并取得相应相应的增值税扣税凭证。物流辅助服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务。
物流发票的税率一般为6%或9%。物流发票的税率具体是多少，主要取决于物流企业提供的服务类型。一般来说，物流企业提供的是运输服务，包括陆路运输、水路运输、航空运输和管道运输等，这种情况下适用的税率为9%。
1、财税公司可以通过与网络货运平台合作，成为平台的服务提供商，为平台上的物流企业及个人提供上述财税相关的专业服务。这种合作模式不仅能够拓展财税公司的业务范围，还能帮助网络货运平台构建更完善的生态系统，吸引更多用户。
2、财税公司可以考虑加盟货运宝等网络货运平台进行合作，提供财务管理服务，具体合作方式可与平台沟通协商。
3、合伙人模式相比较于代理人模式，合伙人可以得到更具竞争力的折扣、激励奖励，两者互惠互利，对于自身而言，如果本身是物流企业，那么可以额外节省下不少的营销费用，达到降本增效的效果，这也是很多物流企业愿意成为合伙人的原因，既不影响自身业务发展，还能获得激励奖励，可以作为一个副业来经营。
4、有资源整合能力强、品牌效应广、网络效应明显等特点，利用互联网手段和组织模式创新，有效促进货运市场的资源集约整合和行业规范发展。网络货运企业的价值是：开票合法，获得更多进项；独立自主，不再依赖其他平台；可获得税务奖励；帮助企业转型。
5、网络货运平台，是近年来随着互联网技术的飞速发展而兴起的一种新型物流服务模式。它通过互联网将货主与货车司机紧密连接，实现货源与车源的智能匹配，有效提高了物流行业的运作效率。运满满正是这一领域的佼佼者，以其数字化、智能化的服务，引领着智慧物流的新潮流。
物流公司税务筹划的方法如下：转变经营方式巧筹划。增值税一般纳税人在销售货物时一般是根据进销差价按照13%或者17%的税率缴税；而营业税应税劳务中的“服务业—代理”税目的税率仅为5%。如果物流企业能够使自己从物资供应商的角色转变为销售代理商就可以实现节约税收的目的。转变合同形式妙节税。
方案二：如果好运物流将租赁合同变为异地作业合同，由物流公司派遣两名操作人员并支付工资6万元，为客户甲提供装卸服务的同时收取66万元服务费，则好运物流按“交通运输—装卸搬运”税目应缴纳营业税为66×3%=98（万元），缴纳城市维护建设税及教育费附加为98×（7%+3%）=0.198（万元）。
企业拆分筹划法由于在“营改增”试点下，物流企业认定为一般纳税人的标准是年营业额达到500万元，增值税税率为11%，相应的进项税额可以抵扣；否则按照小规模纳税人进行征管，征收率为3%，不存在进项税额抵扣问题。因此可以通过测算，衡量企业的经营规模和税收负担间的关系。
选择税务筹划空间大的税种 要选择对决策有重大影响的税种作为税务筹划的重点；选择税负弹性大的税种作为税务筹划的重点，税负弹性越大，税务筹划的潜力也越大。符合税收优惠政策 一般在税种设计时，都设有税收优惠条款，企业如果充分利用税收优惠条款，就可享受节税效益。
企业财会人员的技术高低；企业财会管理的水平--企业的营运现金净流量中的“营运资本投资额”有很大影响，股东投资与银行贷款的比例不同，企业所交纳的税是不一样的。